El sitio está emplazado en una antigua casona del siglo XVIII construida por el comerciante español, José Rodríguez en el año 1752.

La casa fue declarada Monumento Histórico Nacional en 1941 por ser el único exponente en su tipología de vivienda familiar del período colonial que se conserva hasta el presente. Construida con la doble finalidad de vivienda y comercio, su arquitectura conjuga de manera inmejorable tipologías de la vivienda romana y andaluza lo que la convierte en un fiel exponente del lenguaje Barroco del siglo XVIII en América. Protegerla, nos permite una revalorización patrimonial que no solo incluye el mantenimiento edilicio, su conservación y protección, sino también el (re)pensar y el (re)escribir los relatos y las formas de exhibir la colección. Y así lograr una nueva propuesta de acercamiento y encuentro con nuestro patrimonio como cordobeses y sentirnos así parte de la Historia. El nombre otorgado al museo corresponde a su habitante más ilustre, Don Rafael de Sobre Monte que vivió en esta propiedad desde 1783 a 1796, trece años en los que ejerció como Gobernador Intendente de la Córdoba del Tucumán.

La historia del Museo coincide con los inicios de la museología en Córdoba, con la creación del Museo Politécnico en enero de 1887. Ese año llega a Córdoba Jerónimo Lavagna, sacerdote, arqueólogo y naturalista italiano, quien, con una gran colección de objetos atesorados en su recorrido por Latinoamérica, ofrece al gobierno dicha colección para la creación del museo. Años más tarde, cuando comienza la clasificación y separación de las colecciones, el Museo Politécnico se dividirá en tres dando lugar a tres museos: Museo de Ciencias Naturales, Museo de Bellas Artes Emilio Caraffa y el Museo Histórico Provincial Marqués de Sobre Monte. Luego de mudarse a diferentes espacios, el museo se estableció definitivamente en esta casa en el año 1919.

Como “Museo Histórico” tiene la misión de recolectar, investigar, conservar y exhibir objetos, documentos y materiales del pasado; para generar una perspectiva cronológica que permita relatar un proceso histórico asociado a la construcción de identidad de su comunidad.
En su rol social, el museo se adapta a las necesidades de una comunidad, desarrollando propuestas de museo vivo, participativo, que se fortalece por el contacto directo entre el público y los objetos patrimoniales de su colección.